對“南海Ⅱ號”進行過數次海底探摸的省文物考古所研究專家崔勇告訴記者，船體保存較為完好，“船上的甲板有10余公分厚，依然堅硬不朽”。水下考古專家稱，船上密密麻麻擺放著整摞整摞的瓷器。由於目前出水的200件瓷器絕大多數產自明代萬曆年間，依據專家經驗，這艘船被鑒定為一艘明代商船。

　　掩埋于一層厚厚的海底淤泥之下的“南海I號”，得以保存800餘年，“南海Ⅱ號”在海底的姿態和尊容如何？崔勇告訴記者，“南海Ⅱ號”沉沒于20多米深的海底，周身也有柔軟的細沙包圍，儘管甲板裸露在海水中，但上面有一些珊瑚覆蓋。有專家分析道，也許正由於附近多暗礁，許多船隻過而不停，也許才保證了“南海二號”沉睡海底數百年而不被驚擾。也有專家初步認為，“南海Ⅱ號”的沉沒很可能就與觸礁有關。