南海一號的整體打撈方案，將用鋼籃將沉船整體包住，再在船底用鋼釬穿過，潛水員在海底進行打鉚和焊接，最後將沉船整體打撈出水。“南海一號”整體打撈出水後，將直接從海上平移進專門建設的水下考古博物館，置於巨型玻璃缸中。有關方面表示，整個工程預計處理和撈起的泥沙、瓷器及各種文物將超過5000噸。