根據台灣“總統府”的預算說明﹐“國務機要費”一年約新台幣4800萬元(約合150萬美元)﹐是“國家元首”行使職權相關費用﹐包括政經建設訪視、軍事訪視、犒賞及獎助、招待與禮品致贈等。“國務機要費”須“實報實銷”，不能沒有單據﹐更不能以別人消費的單據(發票)不實核銷。“國務機要費”案是陳水扁借用他人發票來冒領公款，實質產生損失，因此，涉及貪污、瀆職、及偽造文書。“國務機要費”屬於業務費，有特定科目，但“總統府”卻片面把“國務機要費”當做“首長特別費”的一種，同時比照“特別費”的支用規定，一半需單據，一半不需要。當初陳瑞仁辦“國務機要費”案時，“網開一面”﹐將“總統特別費”納入﹐他只查需要單據部分(另一半不須單據部分根本沒查)。

台灣“國務機要費”案大事記

11月3日 台北“地檢署”偵結“國務機要費”案，吳淑珍、馬永成、陳鎮慧、林德訓以貪污罪條例起訴。

　　10月12日 “台灣紅”負責人李慧芬在“立法院”“總統罷免案”審查會作證。

　　9月21日 約談陳水扁隨扈與吳淑珍親友、同學等20人，追查案情。

　　9月中旬 約談李登輝查證“國務機要費”用途。

　　9月7日 陳水扁辦公室及“高檢署”證實，檢查官陳瑞仁于8月7日及20日分別就訊陳水扁和吳淑珍。

　　8月24日 “查黑中心”傳喚12名有消費發票進入陳水扁辦公室“國務機要費”帳冊的證人，追查為何發票會流入陳水扁辦公室。部分證人稱，不知道自己消費的發票被陳水扁辦公室拿去使用，懷疑由商店直接提供陳水扁辦公室。

　　8月16日 李碧君與李慧芬對質，否認曾親手將發票交給吳淑珍。

　　8月14日 李慧芬自澳洲返臺至“查黑中心”作證，並證稱李碧君向她要發票，都是要交給吳淑珍的。

　　8月9日 “查黑中心”約談杏林新生制藥負責人李碧君，她坦承，向李慧芬索討君悅飯店發票，但不知為何流入陳水扁辦公室。李碧君訊後遭檢調限制出境，並列為被告。

　　7月31日 “查黑中心”查扣近6年“國務機要費”單據。

　　7月25日“查黑中心”約談杏林新生制藥負責人李碧君，她坦承，向李慧芬索討君悅飯店發票，但不知為何發票流入陳水扁辦公室。李碧君訊後遭檢調限制出境，並列為被告。

　　7月10日檢調約談臺“總統府”前副秘書長馬永成就“國務機要費”案說明。

　　6月29日 “高檢署黑金中心”根據先前接獲的檢舉內容分案完成，由檢察官陳瑞仁調查“國務機要費”流向。

　　6月28日“審計部”派員赴 陳水扁辦公室查賬，事後將疑涉不法相關資料函送“高檢署黑金中心”調查。

　　6月12日 “台灣紅”負責人李慧芬向國民黨“立委”邱毅爆料，她的300萬新台幣君悅飯店住宿發票，被堂姐李碧君拿去轉交吳淑珍核銷“國務機要費”。（包瑋瑋根據媒體相關報道整理）