馬英九就任“總統”一週後，立刻對軍中扁係將領人事開鍘，後備司令部五個月後才降編，馬英九是提前摘除扁係將領龍頭後備司令余連發上將指揮職。余連發是陳水扁第一任侍衛長，扁第一位晉用的將領，八年來許多將領靠余推薦陞官，餘下臺後，扁係將領人人自危。

　　聯合晚報報道，余連發任後備司令三年，是目前各軍種司令任期最久的一位，顯示陳水扁力挺。陳水扁任內八年，許多軍隊將領人事案都有餘連發影子，有位扁係將領原本以為升遷無望，先是申請任大學教官，後來找上余連發卻有機會陞官，兩件人事案擺在當時“國防部長”李傑面前，李傑不買帳，這位將領只好去當教官。

　　余連發“憲兵司令”任內，積極為陳水扁拉攏“憲兵”與“後備憲兵”情誼，讓過去對民進黨素無好感的“憲兵”，變成最挺扁的部隊，導致後來鬧出巧克力事件。

　　余連發是扁係將領最高階的一位，後備司令部今年11月降編，馬英九未循往例讓余留任到降編，提前摘除余的指揮職，“國防部長”陳肇敏也宣示嚴禁軍中逢迎讒陷風氣，顯示軍中開始清除挺扁殘余勢力，余去職，許多靠扁提拔的將領無不人人自危。

　　何壅堅找同鄉老蕭拉關係

　　憲兵司令何壅堅與余連發類似，都是侍衛長出身挺扁將領，挺扁不遺餘力。2004年連宋與扁呂競爭激烈，據指出，何當時告訴同僚，扁連任，兩岸可能打仗，但他會陞官。馬勝選後，何又託人找嘉義同鄉副“總統”蕭萬長拉關係，也託人向馬表態，希望能留任一年。何壅堅這兩天正在邀約“憲兵”退伍的電視政論名嘴喝咖啡，爭取輿論支援。

　　“國防部”軍法司司長吳泰然也是知名扁係將領，陳水扁兒子陳致中在海總服預官役，吳泰然是陳致中直屬長官，軍方安排吳泰然一路晉陞少將、中將，今年“總統”大選前軍方爆發鐽震弊案，吳泰然極力協助控制軍中外泄弊案情節，發動軍事檢察官約談報導鐽震弊案媒體記者。軍法司長是軍法官科最高職位。

　　彭勝竹低調可望做完任期

　　“空軍司令”彭勝竹是另一位侍衛長出身扁係將領，但因為行事沉穩低調，不好出風頭，不惹爭議，加上“部長”也是空軍將領退伍，對彭不會下重手，彭應可順利做完兩年任期後卸任。