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病因病機學說是關於人體疾病產生的原因和疾病發生、變化機理的學說。中醫學的病因病機學說在春秋時已露端倪，而到戰國時則形成較為系統的理論。
1、病因學說
據《左傳·昭西元年》記載，春秋時秦國著名醫生醫和為晉侯治病提出：陰、陽、風、雨、晦、明等六種天氣現象的太過會導致人體發生疾病。醫和的“六氣”病因論開創了中醫外感病因學說的先河，是後世“六淫”病因論之濫觴。
《五十二病方》中有一些關於病因的記載。例如，該書認為外傷所引起的“痙”證是由於“風入傷”（馬王堆漢墓帛書整理小組《五十二病方》，36、40頁，文物出版社，1979年）引起的；“嬰兒索痙”是因“產時居濕地久”（馬王堆漢墓帛書整理小組《五十二病方》，36、40頁，文物出版社，1979年）即感染濕邪所致。此外，《五十二病方》所提到的病因尚有犬或狂犬咬傷、毒蛇和其他毒蟲咬傷、植物中毒、寄生蟲等等。
到戰國時期，人們對病因認識更為拓寬和加深，已從天氣現象、個人生活環境、飲食勞作、生活習慣、精神情志、社會環境等多角度探索病因，由此形成了更為科學的病因學說。這種病因學說在戰國諸子著作中也多有涉及。例如《韓非子·楊權》雲：“夫香美脆味，厚酒肥肉，甘口而疾形”
。（《韓非子》卷二，1123頁，《二十二子》本）。
《內經》對病因有更全面更深入的論述。《靈樞·順氣一日分為四時》雲：“夫百病之所生者，必起于燥濕，寒暑、風雨、陰陽、喜怒、飲食、居處。”（《靈樞經》卷七，71頁，商務印書館。）。概括了《內經》病因的主要內容，也就是說，《內經》所論述的病因內容主要有天氣因素（風、寒、暑、濕、燥、火）、情志因素（怒、喜、憂、思、悲、恐、驚）和飲食起居（飲食、勞逸、房事、起居等）三大方面，對於各種病因的致病特點，《內經》都作了不同程度的論述。
2、病機理論
病機理論的出現可以上溯到春秋時期。《史記·扁鵲倉公列傳》所載虢中庶子及扁鵲關於虢太子之病病機的論述，涉及到正邪鬥爭及臟腑經絡氣血陰陽的失調。表明對病機的認識已上升到理論高度，病機學說已具雛型。《史記》同一篇還記載有扁鵲論齊恒侯之病每隔五日依次“在腠理”、“在血脈”、“在腸胃”、“在骨髓”。這是最早的疾病傳變論述。
到戰國時期，形成了比較豐富而系統的關於疾病發生、病理變化及其傳變過程的病機學說。這一學說在《內經》中有集中的論述。關於疾病的發生，《內經》認識到是體虛與外邪共同作用的結果，邪氣單方面並不一定致病，所謂“風雨寒熱不得虛，邪不能獨傷人”（《靈樞經·百病始生》卷十）；“邪之所湊，其氣必虛”（《黃帝內經素問·評熱病論》卷九。《內經》還認識到，疾病的發生與人的體質有關，不同體質類型的人，其所易患疾病是不一樣的，例如，《靈樞·陰陽二十五人》還將人的體質按五行分為五大類二十五小類，並指出了各種類型的人所易患之病及其發病時間。
生活環境與人的體質及其疾病之間的聯繫在戰國時也已被注意到。《素問·異法方宜論》對東、南、西、北、中五方的地理環境及其人們的飲食生活習性與各方人們的體質及其易生之病之間的關係進行了具體的分析和論述。
《內經》還注意到了社會因素與發病的關係。
重視疾病的發生與四時更替、月相盈虧等天時的關係，認為人與天地相應，不僅人之生理機能隨天時而變化，而且疾病的發生和變化也受其影響。
關於人體在病邪作用下發病後的病機，《內經》也作了大量的論述，構成這一時期病機認識的主體內容。《內經》對病機的認識不僅涉及人體疾病的一般病理，而且還深入到許多疾病或病證的具體發病機制。關於人體疾病的一般病理，《內經》詳明地論述了人體臟腑、經絡、氣血的各種病變形式及外在症候表現，如五臟六腑的虛實寒熱、氣機失調、經絡氣血凝滯、厥逆、十二經是動病和所生病，氣血不足、氣血逆亂、氣滯血菀等等。關於各種疾病或病證的具體病機，《內經》深入地分析和描述了痹、厥、瘧、風、傷寒、溫病、兩感、腎風、風水、酒風、消癉、鼓脹、腸蕈、石瘕、血枯、腸蕈、伏梁、息積、癰疽、瘰疬、陰陽交等數十種內外科疾病和病證，這標誌著中醫對疾病的認識逐漸理論化和系統化。
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