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秋戰國時期，用藥品種日益增多，藥物學知識不斷豐富。除了用單味藥治病之外，還探索多味藥組成復方療疾，因而出現了方劑學的萌芽。
一、本草知識的豐富
1．出土醫書中的藥物
（1）阜陽漢簡《萬物》所載藥物：
此書簡殘損太甚，根據可辨認者統計，共收載藥物七十多種。其中玉石類、木部類、獸部類、蟲魚部類、果部類、米谷部類、菜部類等等。
《萬物》的記載非常古樸，如“魚與黃土之已痔也”，“姜葉使人忍寒也”，這些都是比較原始的用法。
（2）馬王堆帛書《五十二病方》所載藥物《五十二病方》因殘損較多，很難確知原來所載方藥總數。據帛書整理小組統計，共列藥物247種。其中礦物藥21種，草類藥51種，菜類藥10種，木類藥29種，果類藥5種，人部藥9種，獸類藥23種，魚類藥3種，蟲類藥16種，器物、物品類30種，泛稱類藥10種，待考藥名14種。
此外，在馬王堆一號漢墓的隨葬物品中，還發現不少盛放在香爐或熏爐裏有茅香、高良姜、姜、桂、蒽（蕙）、賁、花椒、辛夷、藁本、杜衡、佩蘭等。
從《萬物》和《五十二病方》來看，說明在戰國時期，已經發現了眾多的藥物，而且對藥物的性味功能已有了初步的認識。《萬物》是我國迄今發現的以記載藥物知識為主的專書，但所載幾乎都是單功能藥物，其內容簡略而古樸。《五十二病方》雖是記載臨床治療的方書，而所載藥物之多卻是空前的，僅次於後來的藥物學專著《神農本草經》。該書所記述之每一種藥物已具有多種治病功效，比《萬物》前進了一大步。
2．《山海經》、《呂氏春秋》等書對藥物的論述
（1）《山海經》：是一部約成書于戰國時期的地理著作，在敘述山川地域及其物產時，也記載了各地出產的藥物，共一百多種。其中約有：
如食之多力，食之不愚的補養藥；食之宜子孫的生育藥；服之不字食之無子的避孕藥；服之美人色的美容藥：食之無疫疾；食之無大疾；可以禦疫的防病疫藥；食之可以殺人的劇毒藥；可以禦百毒，可以為（治）毒的解毒藥；可以殺蟲的殺蟲藥；食之不眠，食之無臥的興奮劑等。
此外，約在這一時期在成書的非醫藥專著如：《管子》、《離騷》、《昌氏春秩》、《禮記》、《爾雅》等，也都其不同的角度論及了不少的藥用植物、動物、礦物等。
二、方劑學的萌芽
春秋戰國時期，隨著用藥知識的積累，逐漸由使用單方過渡到使用復方，並且不斷探索組方的原則和理論，方劑學萌芽。
阜陽漢簡《萬物》記載有一些復方。如“倍力者以羊與龜”，認為龜羊合用，其強身健體之功更著，是復方的萌芽。
《五十二病方》，收載醫方283個，如治癃病方、治牡痔熏蒸方等等。從上舉諸例可以看出，帛書《五十二病方》，復方大量增加了，而且劑型多種多樣，既有內服的，又有外用的，洗浴、熏蒸、涂擦、外敷、充填諸劑齊備。
《內經》奠定方劑理論：《素問·至真要大論》說：“主病之謂君，左君之謂臣，應臣之謂使，非上下三品之謂也。”又說：“君一臣二，制之小也；君一臣三佐五，制之中也；君一臣三佐九，制之大也”。《內經》並非方書，但對方劑理論和組方配伍原則作出了出色的歸納與總結，對後世有很大的影響。
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