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漢代針灸學術，在繼承前人經驗基礎上，繼續取得發展。
淳于意是西漢初期的著名醫學家，他從公乘陽慶、公孫光等戰國時期老一輩醫家那裏繼承了針灸學術，並將其傳授給高期、王禹等人。針灸學在《難經》中佔著重要的地位。《難經》在《黃帝內經》的基礎上，對針灸學理論有一定的充實和提高。在西漢時期，劉勝墓出土的九枚醫用金針和銀針，亦標誌著針灸用具的顯著進步。《後漢書·郭玉傳》的記載，有涪翁、程高、郭玉等一派互為師承的針灸家撰著《針經》、《診脈法》等，互相傳授，雖然均已失傳，但涪翁“時下針石，輒應時而效”的高超針術仍得以流傳。程高學于涪翁，並將所學針灸技術傳與郭玉。郭玉在東漢和帝（89∼105年）為太醫丞，在針灸上不僅具有“一針即差”的本領，而且還深刻地認識到“針有分寸，時有破漏。”他認為“腠理至微，隨氣用巧，針石之間，毫芒即乖，神存於心手之際，可得解而不可得言也。”說明在針刺治療上已達到相當高的水準，並已獲得顯著的療效。
西漢末至東漢延平（8∼106）年間，在針灸史上出現一部名著《黃帝明堂經》；即《明堂孔穴針灸治要》，是中國第一部針灸學的腧穴學專著。隋唐之間，曾先後兩次由政府下令，加以修訂，規定為針灸醫生的必修課本，並流傳到日本等國，對後世中外針灸學的發展產生了深遠的影響。
《武威漢代醫簡》有九枚醫簡涉及針灸，從中可以看到當時的留針時間較長，可達“炊米一升頃”之久，簡文共載有三里、肺俞二穴。其泉水，從上下文看亦當為穴名，但不見於後世針灸著述。肺俞穴，似為脾俞穴的誤記。三里穴，原簡作“時下五寸”亦與今穴不同。簡文還談到刺灸與年齡的關係，這也是其他針灸著述所未見的。《黃帝蝦蟆經》是一部論述四時刺灸禁忌的專著，全書有十分之七的內容為插圖，其中有一幅全身謹避針灸的人體圖，是按六十甲子交替排列的，共有六十個禁刺部位。
華佗亦長于針灸。史載：”若當灸，不過一兩處，每處不過七八壯，病亦應除。或當針，亦不過一兩處，下針言，當引某許。若至語人。病者言：‘已到’，應，拔針，病已行差。”形象他說明瞭針刺是否得氣和療效的關係。曹操“苦頭風，每發，心亂目眩，佗針鬲，隨手而差。”
張仲景對針灸亦有獨到見解，以傷寒為例，發熱惡寒，……，寸脈浮緊，大渴欲飲，自汗便利的宜刺期門；婦人中風，發熱惡寒，經水適來，熱除脈遲，身涼下滿，……，亦宜刺期門。在69條有關條文中，以刺期門主治為最多，張仲景在針灸操作方法上也有所發展，如針刺與溫針、燒針、艾灸等，並各有比較明確的適應症。如所論之“可刺”、“不可刺”、“可灸”、“不可灸”、“可火”、“不可火”等，專篇論述針灸的忌宜，成為張仲景針灸學說的又一特點。
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