早在兩千多年前,中國現存最早的中醫理論專著《黃帝內經》問世。該書系統總結了在此之前的治療經驗和醫學理論,結合當時的其他自然科學成就,運用樸素的唯物論和辨證法思想,對人體的解剖、生理、病理以及疾病的診斷、治療與預防,做了比較全面的闡述,初步奠定了中醫學的理論基礎。《黃帝內經》：《黃帝內經》包括《素問》和《靈樞》各9卷。它分別從陰陽五行、天人相應、五運六氣、臟腑經絡、病機、診法、治則、針灸等方面，結合當時哲學和自然科學的成就，作出了比較系統的理論概括和認識。迄今在診治學上仍具有指導意義。
 
   西元三世紀，東漢著名醫家張仲景在深入鑽研《素問》、《針經》、《難經》等古典醫籍的基礎上，廣泛採集眾人的有效藥方，並結合自己的臨床經驗，著成《傷寒雜病論》。該書以六經辨傷寒，以臟腑辨雜病，確立了中醫學辨證施治的理論體系與治療原則，為臨床醫學的發展奠定了基礎。後世又將該書分為《傷寒論》和《金匱要略》。其中，《傷寒論》載方113首（實為112首，因其中的禹余糧丸有方無藥），《金匱要略》載方262首，除去重復，兩書實收劑269首，基本上概括了臨床各科的常用方劑，被譽為“方書之祖”。
 
   《難經》，全書共有81章。分別對脈法、經絡流注、營衛三焦、氣血盛衰、臟腑諸病、經穴及用針的補瀉手法等方面作了比較深入的解釋和發揮，豐富和發展了《內經》的學術理論，為後世有關中醫診斷、病理、經絡和針灸等學術的發展起了積極的推動作用。因其闡述了《內經》的有關疑難問題，故名《難經》。《神農本草經》：本書共分3卷，收載藥物365種，除去重復的實際是中藥347種（其中植物藥239種、動物藥65種、礦物藥43種）。本書匯集了古時至漢代以前的藥物知識，分別用四氣（升降浮沉）五味（辛甘酸苦鹹）概括藥物的性能和作用，根據有毒和無毒而將藥物分成益氣、補虛、除邪等上、中、下三類；創立了方劑的有關配伍方法；對於藥物的炮製、貯藏方法和經驗也作了概括性的描述，雖其中也有某些錯誤的地方，但有關經驗的總結卻奠定了中藥藥物學的理論基礎。