蒙族醫藥是以蒙古族人民長期同疾病作鬥爭中所積累的傳統醫療實踐經驗為基礎，吸收藏醫及印度醫學的部分基本理論和漢族醫學的知識，在樸素的唯物論和自發的辯證法思想影響和指導下，逐步形成的獨特的民族醫學。它把人體看作是一個對立統一的有機整體，從宏觀的角度來研究人體動態的各種內在聯繫，從而闡明生命運動的基本規律。其理論體系的基本特點，就是整體觀念論、辨證診斷理論和重病因辨證施治理論。

    蒙醫有一整套基本學說，，共同構成蒙醫學的理論體系：

                       陰陽學說

    蒙醫認為，人體的一切都離不開陰陽，任何事物都具有對立又統一的陰陽兩個方面，無論是胚胎，新的生命的形成，機體構造與生理功能、病理變化，都可以用陰陽變化的相互關係來說明問題。如臟為陽、腑為陰，血脈為陽，白脈為陰，三素為陽、七元為陰等。陰陽在人體保持相對平衡才能維持正常的生理狀態。如果一旦陰陽失調，勢必破壞平衡，產生偏盛或不及，就要發生疾病。有病理現象產生後，無論症狀上表現如何複雜歸納起來不外乎寒熱兩症，陽盛則表現為熱症，陰盛則為寒症。因此，陰陽平衡是保證健康的必要條件，失調是導致疾病的根本原因。

                      五元學說

    五元學說（即土、水、火、氣、空）很早被應用於古代印度醫學。據文獻記載。于14世紀初經西藏傳播到蒙古地區。在蒙醫學理論中，對構成人體的“三根”、“七要素”和生理、病理、診斷、治療原則、四施（藥物、外治、飲食、起居）等的解釋，都以五元學說為理論指導。因此，五元學說是蒙醫學理論體系的綱要。它把事物按照不同的性質、作用與形態，分別歸屬於土、水、火、氣、空五元。例如：土元的性質為硬、強、重，以氣味為主，具備味、色、感、聲等性能，為一切物質的本基，對物質有重、穩的功能；水元性質為濕、潤，以味為主，具備色、感、聲等性能，對物質有滋養、濕潤的功能；火元性質為熱，以色為主，具備感、聲等性能，對物質有成熟、溶解、燒灼的功能；氣元性質為輕、動，以感為主，具有感、聲兩種性能，對物質有輕、動、發的功能；空元性質是空、虛，只有聲一種性能，為物質的存在、增長、運動的空間，具有間隔的功能。

    蒙醫學認為人體是一個統一的有機整體，其各個部分之間都有密切聯繫，這種相互聯繫和構成，均和五元密切相關。五元（土、水、火、氣、空）與三根（赫依、協日、巴達幹）、五臟六腑的關係：三根中巴達幹屬土水、五臟脾、六腑胃屬五元中的土，五臟腎、六腑膀胱屬五元的水；三根協日屬火，五臟肝、六腑膽屬於五元中的火；三根赫依屬氣，五臟肺，六腑大腸屬於氣；普行屬於空，五臟心、六腑小腸屬於空。

                           三素學說

    維持人體生理功能的三種能量和基本物質“赫依、協日、巴達幹”，簡稱為三素。三素在人體內是以對立統一的規律存在的，是人體矛盾的主要方面。

    赫依——在人體正常生理活動中，具有維持生命活動推進血液運行、呼吸、分解食物、新陳代謝、增強體力、支配肢體和意識活動、接種傳代等作用。並且也是保持協日、巴達幹兩根相對平衡的調節者，也是人體維持健康和延年益壽的引導者。如果赫依本身失去平衡狀態時，就會導致病變。赫依具有以輕、糙為主的涼、細、硬、動等六種特性。

    協日——為人體正常生理活動的熱能，具有產生熱量和調節體溫、促進消化吸收、促進營養七精華也稱七要素之成熟等功能。它以巴達幹為自己存在的前提，與其保持相對平衡狀態。如果協日本身失去平衡狀態時，就導致病變。協日具有以熱、銳為主的輕、臭、瀉、濕、膩等七種特性。

    巴達幹——在人體正常生理過程中，巴達幹起滋生、調節體溫、滋養正精，增強意識、延年益壽、堅固骨節的作用。並以協日為自己存在的前提，與其保持相對平衡狀態。如果巴達幹本身失去平衡狀態，就會導致病變。巴達幹具有的重、寒為主的膩、鈍、柔、固、粘等七種特性。

    三素是人體生存的主導因素，也是產生疾病的內在因素。人體的生理功能和病理機制都是以三者的平衡與變化為理論依據的。協日、巴達幹兩者為相互對立的兩面，互相制約、相對平衡，赫依作為調節的因素，三者相互信賴、相互促進，相輔相成地完成著生命活動的生理功能。

                         七元三穢學說

    構成人體和維持生命活動的七種基本物質——食物精華、血液、肉、脂肪、骨骼，骨髓、精液和使其不斷生化的精華統稱為七元，三種主要排泄物——糞、尿、汗稱為三穢。七元為三素賴依生存的物質基礎，以保身體發育成長。七元三穢的吸收、排泄運動過程是不可分割的一個整體，是人體進行新陳代謝的過程，共同維持人體正常生理功能。

                       脈道、臟腑

    脈道主要有黑脈和白脈兩種。黑脈為全身血液運行之道，又稱血脈，黑脈歸陽，五行中屬空。心臟及黑脈之跳動運行，均受普行、赫依之支配。白脈歸陰、屬水元，故又稱水脈。

    五臟：心臟為五臟之首，位於胸中巴達幹之區，是病變赫依的循行之道，五元中的空元之精華依存於心臟，濁聚于小腸，所以兩者在生理功能上有前者管轄後者的隸屬關係。心開竅于舌；肺臟是病變巴達幹的循徑，氣元之精華依存于肺，濁聚于大腸，肺開竅于鼻；肝位於協日區，也是病變協日的循徑，火元之精華依存于肝，濁聚于膽。肝開竅于眼；脾位於協日區，是病變巴達幹的循徑，土元之精華依存于脾、濁聚于胃，脾開竅于唇；腎位於赫依區，是病變巴達幹的循徑，熱疾易隱伏于腎臟，水元之精華依存于腎、濁聚于膀胱，腎開竅于耳。

    六腑：胃處於協日區，是巴達幹的宿位，也是病變巴達幹的循徑，消化三火溫位於胃。胃屬消化道的未消化段，熱疾易隱伏于胃；小腸處於協日區，也是病變協日之循徑，為消化吸收段；大腸處赫依區，病變赫依之循徑，為已消化段；膽處協日區，病變協日之循徑，是消化協日和火溫的物質基礎；膀胱處赫依區，是病變巴達幹之循徑；三舍處赫依區，是生殖系統的統稱，此為維持三素平穩的場所，故屬聚合型器官。

    從基礎理論到臨床，從預防到治療，蒙醫學都以以上理論為指導，根據這一整套理論研究人體形成、生長髮育、衰老、死亡等生命活動的規律，並在此基礎上，防病治病和使人延年益壽。