蒙醫治療強調“治未病”、“求本”、“扶正祛邪”、“調理三素”和“因人、因時、因地制宜”等原則。但對不同的疾病，須遵循不同的治療原則。

    赫依病強調溫暖舒適的環境，用溫性藥物補養身體，精心護理；協日病採取給輕涼性飲食，在涼爽環境中休養，用屬水元成分的涼鈍性藥物和清瀉療法清除協日熱的治療原則；巴達幹病主張熱糙性飲食，保暖，用屬火元的藥物補火溫同時催吐巴達幹寒的治療原則；血病採取涼性稀薄飲食，在陰涼處休養，用屬水元成分的藥物和放血治療等降血熱的治療原則；黃水病給乾燥、柔和飲食，在溫暖乾燥處休養，用屬氣元成分的藥物及溫泉等療法，以調火溫而燥黃水為治療原則；蟲病和粘毒病採取給糙、涼性飲食，在清涼安靜處休養，嚴防傳播，用殺蟲、殺粘藥物治療的原則。

    不同的兩種病變發于同一個部位時，應密切注意其患病部位的個性，然後根據病情，採取交替治療或一同治療的原則。主病未平息或轉變為其他疾病時，採取醫治後者為主的原則，疾病本質與外表相反時，採取先確診其本質，治本為主的治療原則。

    對於三種以上疾病併發的聚合症，採取保護胃火溫，調理三素的原則，同時根據疾病本質、發病部位、病勢強弱等情況對症治療。

    蒙醫的治療方法豐富多彩，概括起來，有根據病情施治的滋補療法、消減療法以及系統四施法。此處著重介紹系統四施法。系統四施法主要包括飲食療法、起居療法、藥物療法、外治療法。其中飲食療法是很重要的一方面，指導患者根據病情安排有益的飲食，如熱性病者安排清淡除熱的飲食，寒性病者安排生熱祛寒的飲食，體質虛弱的病人安排滋養身體的飲食，合理的飲食對疾病的痊癒有很大幫助。