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蒙醫藥學是蒙古的文化遺產之一，也是祖國傳統醫學的重要組成部分，它是蒙古族人民在長期的醫療實踐中逐漸形成與發展起來的，它吸收了藏醫、漢醫及古印度醫學理論的精華，逐步形成具有鮮明民族特色、地域特點和獨特理論體系、臨床特點的民族傳統醫學。
自古以來，蒙古民族過著遊牧生活，在與乾旱、寒冷、潮濕、風雪等自然鬥爭中，不斷積累了許多適合當時環境、生產方式、生活習慣以及地理氣侯特點的醫療知識和方法。蒙古人民由於主要食用牛、羊、馬等動物的肉和乳食品，所以對這些動物產品的醫療作用有很多的了解，而且飲食治療在蒙醫藥學中有著重要地位，因其居住地寒冷潮濕故使用灸療法也是北方蒙古族早期常用的治療方法，又因其民族常年馳聘在廣闊的草原上，經常發生戰傷、摔傷、骨折，故正骨、正腦、燒灼療法也是早期蒙醫的重要內容之一。
13世紀初，元太祖成吉思汗統一蒙古民族各部落建立了蒙古大帝國，蒙古社會進入了新的歷史發展階段，隨著同國內各民族，特別是和漢、藏民族之間的往來及與印度、阿拉伯和歐洲等國交往，蒙古民族的經濟文化得以發展，創造了蒙古文字。蒙醫傳統療法及臨證用藥、理論、實踐等諸方面得到了進一步的發展與提高。蒙醫骨科、外傷治療、馬奶酒療法以及藥物學方面的知識均有了新的發展。在《元史》裏，載有1226年蒙古軍中流行瘟疫時，曾用大黃醫治之事。內蒙古特產藥材肉蓯蓉，在《飲膳正要》、《本草綱目》等書中都有詳細記載。
14世紀蒙古族翻譯家沙拉布僧格，將古代印度巨著《金光明最勝王經》譯成蒙文。隨之古代印度醫學的部分理論初次傳播于蒙古地區。1576年藏醫經典巨著《四部醫典》傳到蒙古，印度佛教巨著《丹珠爾經》于17世紀末被譯成蒙文，對蒙醫藥的發展起了重要作用。蒙醫學在傳統的醫療實踐的基礎上，吸收了藏醫學及古代印度醫學的以陰陽、五元（五行）學說為基礎的“赫依”、“協日”、“巴達幹”理論和七元素理論以及中醫知識，結合蒙古地區的特點及民間療法，創造性地加以改造和發展。
清朝初期，傳統的蒙醫骨傷發展到一個新的水準。如蒙醫綽爾濟默爾根對於四肢不能伸屈的關節脫臼、骨折等，常能手到病除。伊希巴拉吉爾在《甘露四部》中，把蒙古正骨術、創作醫療術等傳統醫療經驗結合理論詳盡地論述了“創傷醫療術”、“骨傷療法”、“脫臼復位術”和“震腦療法”等的理論和與實際操作的內容，使蒙醫外科學方面的理論和技術有了很大的發展。
在藥學方面，蒙醫學家們創造了適合本地區的獨特的配藥法、用藥法等，
同時吸收了漢藏等兄弟民族的藥物學理論知識，使自己的藥理學理論更加完善。17世紀的兩部書《醫傷根除病痛甘露方》和《五五制藥方集》反應了蒙古地共多寒症的一面；伊希巴拉吉爾寫的《認藥白晶藥鑒》一書，是比較豐富的蒙藥學著作，收錄801種藥，並寫進藥浴、礦泉療法等內容；《蒙藥正典》是一部比較完整的蒙藥學經典著作，共收載879種藥，並附有599張圖；《蒙醫金匱》是一部較為完整的蒙藥學方選集，收載內、外、婦、兒、五官及熱病、傳染病等臨床各科的200種藥方。
在疾病的診斷方面，形成了以問、望、觸為主的診斷學並逐漸有了分科。《脈診概要》和《甘露之泉》所述“切脈、檢尿、問診、憑經驗診察、舍取診察”等五種診斷法；伊氏之《白露醫法從新》中的外傷和脫臼的診察法等，都是傳統診病方法與理論相結合的產物。《白露醫法從新》將臨床疾病分為內科、熱病科、傳染病科等十三個大科。
新中國成立後，黨和人民對蒙醫藥學的繼承和發展，給予了高度重視，對眾多蒙醫典籍進行了翻譯和整理。現在，蒙醫廣泛利用自然科學成果和現代診斷方法，不斷豐富和革新自己的傳統診斷方法，成為嶄新的民族醫學，為祖國醫學的更加豐富和發展，為增進人類健康做出應有的貢獻。
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