據香港中通社報道，分析認為，陳雲林訪台事，目前兩岸存在兩個重大分歧。首先，最大的分歧點在於，“陸委會”的邏輯是兩岸應該先進行協商再決定陳雲林能不能來臺；而大陸方面則堅持，“陸委會”必須先同意陳雲林訪台，然後再進行協商。未來如果雙方仍不能在“順序”上取得妥協，陳雲林訪台只好繼續再等下去。

　　另一個重大分歧點在於，“陸委會”認為陳雲林訪台之後應該與臺方官員會面，但海協發言人談話強調陳雲林訪台“不涉及兩岸關係其他問題，也不涉及兩會恢復商談以及‘政府主管部門的協商’”，此一方面固然顯示大陸方面企圖避免將陳雲林訪台政治化，也避免出現兩岸“兩會”，甚至官方開始進行談判的印象；但另一方面，也等於回拒了“陸委會”的要求。

　　分析認為，海協會發言人談話並未指明磋商的對口單位，僅表示願與“台灣有關方面指定的單位以適當名義進行磋商”，顯示模糊說法預留彈性空間。

　　分析說，儘管存在上述分歧，但分析認為，與去年相較，今年陳雲林能不能登臺比去年樂觀。去年國民黨智庫在10月下旬申請陳雲林訪台之後，海基會于去年11月14日及11月17日兩度發函海協會要求協商，但尚未等到海協回音，“陸委會”即于18日宣佈“不予許可”；大陸這次提出彈性說詞，也是希望台灣無論如何要給個說法。