治理整頓之後，接下來就是如何開展對台灣的近代化建設，對於這方面，他在《條陳臺澎善後事宜折》中說：“設防、練兵、清賦三端皆可及時舉辦，惟撫番須待三事辦成後方可議行。其次設電、購輪、造橋、修路以通南北之郵，理屯、興墾、開礦、取材以興自然之利。”可以算是大致確定了台灣近代化要辦的諸事。

由於中央和福建的財政補助寥寥無幾，對於台灣建設來說是杯水車薪，無濟於事。於是有了全臺商務總局的籌設。1886年4月份（光緒十二年三月），劉銘傳上奏，請求把李彤恩留下，在台灣籌辦商務，在此之前，由於朱守謨和李彤恩為了在中法戰爭中是誰通敵互相攻訐，清廷已經下令將李彤恩撤職查辦，並驅逐出台灣，劉銘傳為獎勵扶持人才起見，單獨用密片奏請，顯示出他敢於識人用人的勇氣和膽略。與此同時，他還招請在上海的馬建常（即馬建忠的弟弟馬相伯、復旦大學的創始人）到台灣來，共圖振興台灣商務的大計。馬建忠當時主張借外資開發，劉銘傳沒有同意，而是堅持招商引資。籌議中的招商總局有樟腦局、礦務局和軍械局等。但是在上海登報招商，弄了一段時間，收效甚微。

這時候，又有一位道員張鴻祿，在上海招募到一筆海外華人的資金（大約十萬兩），於是渡臺與李彤恩商議，搞了一個《振興台灣商務章程六條》：（參見陸方先生文章，一百週年論文集111——112頁）。大概在1886年底成立。劉銘傳曾經批示：認為這六條章程尚為妥協。決定由李彤恩和張鴻祿負責成立招商總局，派人員到南洋考察商務，並在新加坡設局招商，當時新加坡和西貢的華僑商人陳新泰，王廣余等紛紛投資入股。

積聚了一定資本以後，招商局開始運作承修台灣鐵路，以林維源為首任督辦（其後兩任為楊宗翰、劉朝幹）。接著又籌辦輪船運輸，1888年先後在英國訂造兩艘快船駕時和斯美，隨後劉銘傳又把一些兵輪如飛捷、伏波、海鏡等撥給招商局使用。促進了百貨商品貿易的迅速發展。台灣從一個落後的依靠清政府財政補貼資助的省份，迅速變為能夠基本自給自足的省份，與商貿的發展，東南亞外資的扶持有著很大的關係。（有關台灣進出口貿易的數字，參見海峽兩岸論文集119頁和120頁的兩張表）

此外，為了開闢財源，劉銘傳還採取了一系列措施，如（1）清理田賦(最著名的例子是鎮壓施九段，也有情節，前面已經講過)，從1886年5月到1889年6月共3年時間，所得多出來49萬兩白銀；（2）改徵百貨厘金，這是隨著商貿的發展而提出的，歲收入也達到40多萬兩；（3）實行硫磺樟腦專賣，每年可多的2—3萬兩（這個過程中，受到日本商人的阻撓和破壞，劉銘傳與之進行了鬥爭，也遊戲）；（4）其餘還有如整頓鹽務、設金礦局、鑄造銀元，並且經歷農家耕种經濟作物，開展多种經營等等。這在台灣建省初期為開展近代化建設加快積累，都有著積極的意義。（安徽臺辦）